De gemeente Werkendam wordt begrensd door de rivier de Merwede in het noorden, de rivier de Nieuwe Merwede en de Biesbosch in het westen, de gemeente Drimmelen in het zuidwesten, de rivier de Amer in het zuiden, de gemeente Aalburg in het zuidoosten, en de gemeente Woudrichem in het oosten.
De gemeente wordt doorsneden door de rijksweg A27 (Utrecht-Breda)