Het gehucht bestaat uit drie boederijen. De middelste daarvan werd in de zestiende eeuw bewoond door het geslacht Ballema, waarnaar het nu genoemd wordt. Eerder stond het bekend als Sickemahuessen, naar het Sickemahuis, de meest westelijke van de drie boerderijen.  Balmahuizen ligt aan de oude zeedijk die in de dertiende eeuw is aangelegd rond het toenmalige eiland Humsterland.