Boven Pekela is een dorp in de gemeente Pekela in de provincie Groningen in (Nederland). Eigenlijk zijn het twee dorpen: Noorderkolonie en Zuiderkolonie, twee evenwijdig aan elkaar liggende streekdorpen aan beide zijden van het Pekelderhoofddiep.

Het voorvoegsel Boven verwijst naar de stroomrichting van de Pekel-Aa. Het veen in dit gebied werd in opdracht van de stad Groningen ontgonnen. Begonnen werd aan de benedenloop van de Pekel-Aa. Daar ontstond in eerste instantie Oude Pekela. Verder stroomopwaarts ontstond aan het Pekelderhoofddiep eerst Nieuwe Pekela. Het Pekelderdiep is feitelijke de gekanaliseerde Pekel-Aa. Wat nu Boven-Pekela is hoorde oorspronkelijk bij Nieuwe-Pekela.
Rond 1900 waren de beide kolonies aan de bovenloop voldoende gegroeid om een eigen kerk te krijgen. Vanaf dat moment is dit deel van voorheen Nieuwe-Pekela bekend als Boven Pekela.