Den Horn is een betrekkelijk jong dorp. Het is rond 1700 ontstaan langs een bedijking. De naam Horn verwijst waarschijnlijk naar 'hoogte' of 'hoek'. Het oorspronkelijke dorp ontstond in de zuid-west hoek van de bedijking. In het gebied, in het dorp Lagemeeden, stond in de middeleeuwen al wel een kerkje, maar dat stond los in het land.
Het oude kerkje is in 1862 afgebroken, waarna in het dorp een nieuwe kerk is gebouwd. Sindsdien heeft het dorp zich meer ten westen van de kerk ontwikkeld, waardoor de kerk nu min of meer weer los van het dorp staat.
Ten zuiden van het dorp, bij de buurtschap de Poffert wordt in de nabije toekomst een groot bedrijventerrein ontwikkeld door de gemeente Groningen. In het dorp bestaat de angst dat Den Horn daardoor zijn landelijke karakter zal verliezen