In de buurt van het huidige gehucht heeft in de
middeleeuwen een klooster gestaan van de Johannieter Orde. Het klooster
wordt voor het eerst gemeld in schriftelijke bronnen in 1319, maar
is waarschijnlijk (veel) eerder gesticht. Het ordehuis Fynsterwald
viel onder de commanderij van Steinfurt. In 1424 werd het grondbezit
van het klooster belangrijk uitgebreid met een groot landgoed in
Heiselhusen. De schenking werd gedaan door de hoofdeling Brunger
(II) van Locquard. Waarom deze bezittingen aan het ver weg gelegen
Goldhoorn werden geschonken is niet duidelijk. In 1446 waren de
tegenstellingen tussen Goldhoorn en Heiselhusen zo groot geworden,
dat besloten werd dat Heiselhusen een zelfstandig klooster werd.
Het voorwerk in Heiselhusen was al vele malen groter geworden dan
Goldhoorn en groeide nog steeds, in tegenstelling tot Goldhoorn.
Tussen 1454 en 1494 is de zelfstandigheid van het klooster Goldhoorn
opgeheven en werd het een voorwerk. Het viel net binnen de nooddijk
van 1454, die liep van Punt van Reide naar Finsterwolde. Goldhoorn
heeft geleden door de Dollardoverstromingen, maar niet eerder dan
na 1509. Dollardklei is ten noorden van Goldhoorn ruimschoots aanwezig,
evenals in het gebied ten zuiden ervan, in Meerland (tegenwoordig
beter bekend als de Blauwe Stad). Waarschijnlijk is het Dollardwater
via de Oude Ae binnengekomen. Het gebied ten noorden van Goldhoorn
werd in een aantal fasen weer ingepolderd: de Oostwolderpolder in
1769 en de Finsterwolderpolder in 1819.
De naam Goldhoorn is waarschijnlijk afgeleid van
gold = goud en horn = hoek, wat zou betekenen zeer goede grond.