Munnekemoer is een gehucht in de gemeente Vlagtwedde in de provincie Groningen (Nederland). Het ligt ten zuiden van Ter Apel aan het Ter Apelkanaal, in de meest zuidelijke punt van de provincie, tussen Drenthe en Duitsland.

De naam Munnekemoer verwijst enerzijds naar Monniken, afkomstig van het vroegere klooster in Ter Apel, en anderzijds naar moer, dat is veenmoeras.