Schaphalsterzijl is een buurtschap in de gemeente Winsum (provincie Groningen, Nederland), gelegen op de plek waar het Winsumerdiep uitmondt in het Reitdiep. De plaats is genoemd naar de daar gelegen zijl (uitwateringssluis).

De sluis heet officieel: Winsumer- en Schaphalsterzijlen.
Oorspronkelijk lag op deze plek één zijl, de Schaphalsterzijl. Toen in de 18e eeuw het Reitdiep verzandde, werd de toenmalige Winsumerzijl, die tot dan bij Winsum lag op de plaats die nu nog Oldenzijl wordt genoemd, verplaatst. Het Winsumerdiep werd doorgetrokken naar Schaphalsterzijl en ten noorden hiervan werd een nieuwe zijl gebouwd, die de naam Winsumerzijl kreeg. Tussen de zijlen lag een eilandje. Dit is in de loop van de tijd vervangen door een schutsluis, de Nieuwe Sluis genaamd. Zo liggen er drie sluizen vlakbij elkaar.
Net ten zuiden van de zijlen is een nieuw gemaal gebouwd, die de gevolgen van de relatieve waterstijging als gevolg van de bodemdaling door de winning van aardgas, moet compenseren. Het gemaal is in 2005 gereed gekomen, evenals de restauratie van het oude sluizencomplex. Bron: