Wagenborgen is een dorp in de gemeente Delfzijl in de provincie Groningen in Nederland. Het dorp is ontstaan op een wierde. Tot 1990 was Wagenborgen onderdeel van de gemeente Termunten.

Wagenborgen heeft een lange historie, al in de Romeinse tijd was de wierde een toevlucht voor boeren uit de omgeving, wanneer het wassende water hun onderkomens bedreigde. De naam Wagenborgen wordt reeds genoemd in een kerspellijst van het bisdom Munster waartoe het plaatsje behoorde. De kerspellijst dateert waarschijnlijk uit de vijftiende eeuw, al is het mogelijk dat de lijst ouder is. Wagenborgen wordt genoemd als 'Wenbergum' en moest een bedrag van 4 schilling aan belasting betalen, hetgeen een relatief klein bedrag is ten opzichte van de andere kerspelen en dat vermoedelijk iets zegt over de grootte van de kerspel. Wagenborgen komt ook voor in een dijkbrief van het Oldambt uit 1441, waar het 'Wagenborghe' wordt genoemd. De etymologie van de plaatsnaam wordt betwist. In elk geval is de suffix -um, wat inhoudt dat de plaats in de buurt of in de bocht van een rivier of stromend water lag. Een andere uitleg is dat wanneer men gewaagd werd, men zich hier kon bergen. Gedurende de Middeleeuwen heeft het water van de Eems-Dollard vele dorpen verzwolgen, zo kwam het water ook tot aan Wagenborgen. In de eeuwen daarna is Wagenborgen weer uitgegroeid tot een dorpskern van 2000 inwoners. Van 1910 tot 1934 heeft Wagenborgen een station gehad op het door de NOLS aangelegde traject Delfzijl - Zuidbroek, maar het bekendste is Wagenborgen geworden door Groot Bronswijk. Dit psychiatrisch ziekenhuis is in 1873 gesticht door Jan, Wolter en Trijntje Brons en gesloten in 2004, waarbij de diensten zijn overgenomen door GGZ Groningen.
In 1980 is direct ten zuiden van Wagenborgen het 180 ha grote Hondshalstermeer aangelegd. Tussen dit meer en Wagenborgen en ten noorden van Wagenborgen is een bos aangelegd. Aan de westzijde van het dorp ligt de recreatieplas Het Proostmeer.

Wagenborgen ligt aan de fietsroute de internationale Dollardroute
Langs Wagenborgen loopt de N362 en iets verder van het dorp ligt de N33.