Vijfhuizen ligt aan de noordwestkant van de Haarlemmermeer aan de ringvaart tegenover Haarlem. Ten zuiden ervan ligt Cruquius, en ten noorden, aan de ringdijk, Nieuwebrug. Een fietsbrug verbindt het dorp met Haarlem, en langs de Geniedijk ligt een fietspad naar Hoofddorp. De wegen ten oosten van het dorp lopen dood op de Polderbaan van Schiphol.