Eemnes bestaat vanouds uit twee delen: Eemnes-Binnen, dat vooral bestaat uit een aantal boerderijen langs de Wakkerendijk, en het iets noordelijker gelegen Eemnes-Buiten waar enkele forse nieuwbouwwijken zijn neergezet. Beide stadsdelen hebben apart stadsrechten gekregen en maakten daarvoor deel uit van Eembrugge. In Eemnes-Buiten staat nog een aantal oude huisjes van de vroegere dorpskern, en een klein oud raadhuis.