Elkerzee is een buurtschap in de gemeente Schouwen-Duiveland, in de Nederlandse provincie Zeeland.

De buurtschap, die tegenwoordig slechts een tiental huizen telt, was vroeger een volwaardig dorp met een kerk, een school en winkels. De kerk werd tijdens de Watersnood van 1953 dusdanig beschadigd dat tot sloop besloten werd. De terp waarop de kerk stond is nog duidelijk zichtbaar, evenals restanten van de begraafplaats.

Tot 1961 vormde Elkerzee een zelfstandige gemeente, die opging in de gemeente Middenschouwen. De herindeling betekende een grote klap voor Elkerzee, omdat het naburige Scharendijke, een relatief nieuw dorp, voorheen niet meer dan een buurtschap, als groeikern voor de nieuwe gemeente werd aangewezen. Veel voorzieningen, waaronder de kerk, werden naar Scharendijke verplaatst. In Elkerzee staat nog wel de witte korenmolen De Lelie.